货运代理服务，包括包装托运和货运代理业务，属于物流辅助服务的范畴。根据增值税的规定，这类服务应按照6%的税率征收增值税，而小规模纳税人则适用3%的征收率。其营业额的计算方法是取得的**业务收入减去实际代为支付的运输标的直接费用后的余额。
运输标的直接费用涵盖了多个方面，包括但不限于保险费、陆路运费、海运费、空运费、关税、海关代征增值税、包装费、仓储费、报关费、代缴港杂费、三检费以及装卸搬运费等。这些费用都是与货物运输直接相关的成本，因此在计算营业额时需要予以扣除。
总的来说，货运代理服务作为物流辅助服务的一部分，其税务处理需要遵循相应的增值税规定。同时，为了确保营业额的准确性，还需要对运输标的直接费用进行详细的核算和扣除。