在大多数情况下，除了特殊国企之外，企业通常需要缴纳除所得税以外的其他税种。这些税种通常是各自独立申报的。所得税的征收方式则有所不同，总公司会先汇总后分配给分公司，然后总分公司都在其所在地进行缴纳。这种模式适用于《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（**税务总局公告2012年第57号印发，以下简称57号公告）规定的总分公司。作为汇总纳税企业，它们应当遵循「统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库」的企业所得税征收管理原则。
总机构需要根据上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素来计算各分支机构分摊所得税款的比例。对于**及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额将统一计入二级分支机构。这三个因素的权重依次为0.35、0.35和0.30。计算公式如下：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35 (该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35 (该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。总公司汇总后分配给分公司，然后由分公司再自行申报分配的报表。
然而，在实际操作中，有时候登记为分公司独立核算的企业会被税务部门要求按照普通企业的方式申报所得税。