增值税专用发票是抵扣加工费的关键凭证。根据现行政策，只有取得增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票以及海关进口增值税专用缴款书等特定类型的发票才能进行抵扣。
对于普通发票，大部分情况下不可抵扣。但农产品的抵扣情况有所不同，可以按9%的比例扣除。此外，通行费电子普通发票和旅客运输的普通发票如火车票、飞机票也允许抵扣。
根据《财政部 **税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)的规定，纳税人购进农产品时，如果取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，则以这些凭证上注明的增值税额为进项税额。从按照简易计税方法计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票，则以发票金额和9%的扣除率计算进项税额；而取得农产品销售发票或收购发票的，则以发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
值得注意的是，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项提到的销售发票是指农业生产者销售自产农产品时适用免征增值税政策而开具的普通发票。
财政部、税务总局、海关总署公告2019年第39号进一步明确了深化增值税改革有关政策的内容。其中规定，纳税人购进**旅客运输服务时，其进项税额可以从销项税额中抵扣。
具体来说，如果纳税人未取得增值税专用发票，则可以按照以下方式确定进项税额：
1. 取得增值税电子普通发票的，以其上注明的税额为准；
2. 取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，按照公式（票价 燃油附加费）÷（1 9%）×9%来计算进项税额；
3. 取得注明旅客身份信息的铁路车票的，按照公式票面金额÷（1 9%）×9%来计算进项税额；
4. 取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照公式公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1 3%）×3%来计算进项税额。