政府采购资金的账务处理遵循财政部《政府采购资金财政直接拨付管理暂行办法》（财库［2001］21号）及其附件《政府采购资金财政直接拨付核算暂行办法》的规定。
当财政总预算会计将预算资金划入政府采购资金专户时，需要进行以下账务操作：
借：暂付款-政府采购款
贷：国库存款
同时，还需进行如下记录：
借：其他财政存款
贷：暂存款-政府采购款
若采购机关将预算外资金和单位自筹资金划到该专户，则需执行以下步骤：
（一）财政总预算会计应记：
借：其他财政存款
贷：暂存款--政府采购配套资金
（二）行政单位会计则按以下方式记账：
借：暂付款-政府采购款
贷：银行存款
（三）事业单位会计则采用以下分录：
借：其他应收款-政府采购款
贷：银行存款
对于拥有二级单位和基层单位的采购机关，其政府采购资金的会计核算办法及账务处理，均需参照上述规定，并依据现行行政单位会计制度和事业单位会计制度执行。