居民企业（以下简称“企业”）在进行非货币性资产对外投资时，其转让所得可以在不超过5年的期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，并按照规定计算缴纳企业所得税。然而，公司以自己研发申请的专利技术投资入股涉及增值税，根据税法规定并无特别优惠政策。
参考以下相关规定：
1. 根据财税〔2013〕37号文件附件3《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点过渡政策的规定》，仅提及了“试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税”的优惠，并不涉及投资入股。
2. 根据《个人所得税法实施条例》规定，特许权使用费所得是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得。自然人以非专利技术使用权投资入股，向公司提供专有技术并取得公司股权，属于提供非专利技术使用权取得其他形式的经济利益(公司股权)，自然人应按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税。
参考以下相关规定：
1. 根据财税〔2013〕37号文件附件3《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点过渡政策的规定》，仅提及了“试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税”的优惠，并不涉及投资入股。
2. 根据《个人所得税法实施条例》规定，特许权使用费所得是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得。自然人以非专利技术使用权投资入股，向公司提供专有技术并取得公司股权，属于提供非专利技术使用权取得其他形式的经济利益(公司股权)，自然人应按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税。
