对于一般纳税人而言，当发生税控维护费时，其账务处理方式为：
借方记入管理费用科目，
贷方则对应银行存款或其他相关科目。
若该费用能够全额抵扣增值税，则在账务上表现为：
借方登记应交税费——应交增值税（减免税额）项目，
贷方相应减少管理费用科目金额。
而对于小规模纳税人来说，在支付税控维护费时，其会计分录如下：
同样地，借方记录管理费用，
贷方则是银行存款等资金流出项。
如果这部分支出也可以享受全额的增值税进项税额抵扣政策，那么处理方式略有不同：
此时应在借方增加应交税费——应交增值税一栏，
而贷方则调整为减少管理费用。