首先，公司会借记应付职工薪酬—工资科目。这是因为代扣的个人所得税是从员工的工资中扣除的，所以需要减少应付给员工的薪酬金额。在会计分录中，这一操作被记作负债减少，因此借方核算。
其次，公司会贷记应交税费—个人所得税科目。这是因为代扣的个人所得税是公司应缴纳的税费，所以需要增加公司的应交税费。在会计分录中，这一操作被记作负债增加，因此贷方核算。
通过以上的处理，公司能够准确地记录代扣个人所得税的情况。同时，这也有助于确保公司的财务报表能够真实地反映公司的财务状况和税务义务。
需要注意的是，公司在代扣个人所得税时应当遵守相关的税法规定，并及时缴纳相应的税款。这样可以避免因未按时缴纳税款而面临罚款或其他法律风险。
总之，公司代扣个人所得税是一项重要的会计处理工作，需要按照会计准则进行准确的账务处理。通过借记应付职工薪酬—工资科目和贷记应交税费—个人所得税科目，公司能够清晰地记录代扣个人所得税的情况，并确保财务报表的准确性和合规性。