首先，两者的目标实现方式不同。税务会计旨在通过纳税申报来实现其目标，而财务会计则通过提供资产负债表、损益表和现金流量表等报表来实现其目标。
其次，核算基础也不同。税务会计主要采用收付实现制为核算基础，这种方法比应收应付标准更准确，既简单易行，又能有效防止纳税人的偷税漏税行为。相比之下，财务会计则以权责发生制为核算基础，以应收、应付作为确认收入费用的标准，这有助于恰当地配比收入费用，便于确定各期经营成果，使会计信息更加准确、相关和有用。
第三，核算对象存在差异。税务会计核算的对象是狭义的税务资金运动过程，即从纳税收入产生经营收入开始，到足额上缴税款为止的税务资金运动。而财务会计则核算的是企业**的资金运动。
第四，核算程序也有所不同。税务会计虽然没有规范化的要求，但一般在期末借助于财务会计的数据资料，按照税法规定进行调整数据以编制纳税申报表。而财务会计则有规范化的程序，即“会计凭证一会计账簿一会计报表”的顺序，这些凭证、账簿和报表之间有密切的逻辑关系。
第五，会计要素也存在差异。税务会计的要素有四项，即应税收入、扣除费用、纳税所得（应税收益）和应纳税额。这四项与财务会计中的收入、费用不**相同，在确认的范围、时间、计量标准和方法上都可能发生差异。财务会计则有六大要素，即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。这六大要素是会计对象的具体化，财务会计反映的内容就是围绕着这六要素进行的。
**，两者对会计上的稳健原则态度也有所不同。税务会计一般不对未来损失和费用进行预计，只有在客观上证据表明已发生的情况下方可确认。而财务会计实行稳健原则，一般充分预计可能的损失和费用，而不预计可能的收入，以避免财务报表所反映的财务状况和经营成果被报表使用者误解。