然而，公允价值法也存在一些缺点。首先，公允价值的确定并不容易，计算过程较为复杂。其次，分摊期权费用较高，可能导致企业当期利润大幅缩水。
公允价值法是历史成本法、重置成本法、可变现现值法和现值法等会计准则体系中最重要的资产评估方式之一。在公允价值计量下，资产和负债按照在公平交易中，熟悉情况的交易双方自愿进行资产交换或者债务清偿的金额计量。公允价值法的适用范围较广，不仅适用于股票期权，也适用于其他衍生金融工具。
为了防止公允价值被滥用而出现利润操纵，准则对运用公允价值的前提条件进行了严格规范，即公允价值应当能够可靠计量。对每一项会计要素，基本准则都无例外地强调只有在能够可靠计量条件下才可确认。