通行费抵扣进项税的税率是多少？根据相关规定：
1. 取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额。 2. 取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：航空旅客运输进项税额=（票价 燃油附加费）÷（1 9%）×9%。 3. 取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1 9%）×9%。 4. 取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1 3%）×3%。
此外，自2019年4月1日起，本公告开始执行。