然而，在ETC卡充值后直接索取发票的情况下，取得的是不征税发票，因此无法计算抵扣进项税。这是因为不征税发票不符合抵扣进项税的要求。
此外，需要注意的是，在充值后索取不征税发票的情况下，一旦实际发生通行交易，ETC客户服务机构和收费公路经营管理者将不再向其开具通行费电子票据。这意味着，如果需要通行费电子票据的话，需要在充值前就进行申请和索取，而不是在充值后进行。
综上所述，对于有税率或征收率的发票且用于非增值税不可以扣除项目的情况，可以进行处理。但是，在ETC卡充值后直接索取发票的情况下，取得的是不征税发票，无法计算抵扣进项税。同时，需要注意在充值后索取不征税发票的情况下，通行费电子票据将不再开具。这些规定是根据《关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》制定的。