首先，如果发现货物流、劳务流、服务流和资金流之间存在不一致，我们应当立即采取措施留存好相关资料和合同等依据。这些文件可以作为后续处理的依据，帮助我们解决可能出现的问题。同时，我们还应当与税局进行沟通，确认是否需要其他建议或措施来处理这种不一致情况。
其次，对于是否需要签订三方付款协议或代收转付协议，并没有强制要求必须由三方进行签订。然而，为了规范处理这种情况，建议三方都参与签订并盖章。这样做可以证明业务的真实性和合理性，并且有助于避免潜在的纠纷和争议。
总之，当货物流、劳务流、服务流和资金流之间存在不一致时，我们应当及时采取措施留存好相关证据和合同等文件，并与税局进行确认。此外，对于是否需要三方付款协议或代收转付协议，虽然没有强制要求，但为了规范处理，建议三方都参与签订并盖章。这样可以保证交易的合法性和透明度，减少潜在的风险和纠纷。