1. 借：主营业务成本。 运输公司发生的过路费支出需要计入成本核算，这是为了准确计算公司的经营成本和利润。主营业务成本是公司运营过程中产生的费用，包括运输车辆的维修、燃料消耗以及过路费等。将过路费计入主营业务成本可以更好地反映公司的实际运营情况。
2. 应交税费—应交增值税（进项税额）。 根据税法规定，运输公司支付的过路费属于增值税的进项税额。进项税额是指企业在购买货物或接受服务时支付的增值税，可以用于抵扣销项税额，从而减少企业应缴纳的增值税额。因此，将过路费计入应交税费—应交增值税（进项税额）科目，是为了正确计算企业的增值税负担。
3. 贷：银行存款等科目。 运输公司支付过路费时，通常是通过银行存款或其他支付方式进行的。因此，在账务处理中，将过路费支出记入贷方的银行存款等科目，以反映公司货币资金的减少。这样可以确保公司的资金流动和财务状况的准确性。
综上所述，运输公司收到的过路费发票需要进行账务处理。借方计入主营业务成本，以准确计算公司的经营成本和利润；同时，应交税费—应交增值税（进项税额）科目计入进项税额，以正确计算企业的增值税负担；贷方计入银行存款等科目，以反映公司货币资金的减少。这样的账务处理能够确保财务信息的准确性和合规性。