这两种会计的主要区别在于：
1. 使用的会计科目不同。例如，工业会计使用的产成品、生产成本、制造费用、辅助生产、成品等科目，商业会计则不使用。
2. 成本核算方法不同。工业企业注重生产过程，即生产成本的控制核算；而商业企业主要关注流通环节，如入库、出库、期末进销差价的核算问题。
3. 从复杂性来看，商业会计相对简单。
4. 企业在进行'进销差价'科目的核算时，工业企业主要进行成本核算，而商业企业则进行进销差价的核算。
5. 商业企业的税负率要低于工业企业。
6. 在成本核算方面，工业企业没有进销差价的核算。
7. 库存商品的来源也不同。工业企业的库存商品是通过采购材料经过生产加工成产成品再销售，而商业企业则是采购而来直接销售。
此外，一般纳税人购销存的账务处理如下：
购买库存时，借：库存商品，应交税费—应交增值税（进项税额），贷：银行存款；销售商品时，借：银行存款，贷：主营业务收入，应交税费—应交增值税（销项税额），同时结转销售成本，借：主营业务成本，贷：库存商品。月末结相关收入和成本，借：主营业务收入，贷：本年利润；借：本年利润，贷：主营业务成本。如果月底进项大于销项，可以不做分录；如果月底销项大于进项，说明要缴税，需要做相应的结转分录。