首先，尽快向发票管理机构报告并报失。同时，可以申请补开发票。发票管理机构会根据具体情况来判断是否有虚开发票的可能性，从而决定是否可以补开发票。如果补开发票的条件未满足，则可以向发票管理机构申请报废发票。
其次，持报失申请书向税务机关申请报失凭据。经过发票管理机构的审核，如果发票已经被报废，那么就需要向税务机关申请报失凭据。税务机关会提供一份凭据，证明发票已经报失。
接下来，将报失凭据提交给财务部门，以便抵扣税款。这样可以确保税款的准确性和完整性，并能够正确申报纳税。
此外，了解凭据纳税的概念也是很重要的。凭据纳税是指在税收征收过程中，税务机关给予纳税人的一种正式税务凭据。当纳税人按时足额缴纳税款或按照税务机关规定缴纳税款时，交纳的发票、收据等正式税务凭据可以作为可抵扣税款的凭据。这样能够保证纳税人准备的税款准确无误，并能够向税务机关申报和缴纳税款。
总之，当专用发票丢失时，需要及时向发票管理机构报告并报失，申请补开发票或报废发票。然后，持报失申请书向税务机关申请报失凭据，并将凭据提交给财务部门以抵扣税款。同时，了解凭据纳税的概念也是非常重要的。这些步骤能够帮助纳税人正确处理发票丢失的情况，确保税款的准确性和完整性。