在确认、计量和记账税控系统技术维护费时，企业应当遵循会计科目定义原则、实质性原则、计量原则、关联原则和税收实施原则。这包括确认准确的会计科目、金额以及税收类型。例如，在一般情况下，系统技术维护费应当从企业所得税计提支出，以及投资支出科目记账。
此外，企业在确认系统技术维护费的会计金额时，应当准确考虑和体现合同价款、税费、技术服务费、许可费等相关费用，以及系统的实施费用。同时，在关联原则下，企业在确认该项系统技术维护费的入账时间时，应当参照实际发生的情况，不得提前入账。
在税收实施原则下，企业要根据《增值税专用发票管理办法》和《中华人民共和国企业所得税法》中相关信息，确定是否依据可抵扣进项税额准据，以及系统技术维护费需要计提所得税及计算方法。这包括计算适用的所得税税率，确定应税收入额，确定应纳税所得额，以及计算应纳税额等情况。